Dating de proteine. Banca de date cu proteine - Protein Data Bank - ggex.ro


dating de proteine

Când se utilizează difracția cu raze X, se obțin aproximări ale coordonatelor atomilor proteinei, în timp ce utilizând RMN, se estimează distanța dintre perechile de atomi ai proteinei.

Conformația finală a proteinei este obținută din RMN prin rezolvarea unei probleme de geometrie la distanță.

dating de proteine

Dând clic pe numerele din tabelul extern legat, se afișează exemple de structuri determinate de acea metodă. Pentru structurile PDB determinate prin difracție de raze X care au un fișier factor de structură, harta densității lor electronice poate fi vizualizată.

dating de proteine

Din punct de vedere istoric, numărul structurilor din PDB a crescut cu o rată aproximativ exponențială, cu de structuri înregistrate în1. Formatul original a fost restricționat de lățimea cardurilor perforate de computer la 80 de caractere pe linie. Fișierele de structură pot fi descărcate în dating de proteine dintre aceste trei formate, deși un număr din ce în ce mai mare de structuri nu se încadrează în formatul PDB vechi.

Acesta nu este un identificator unic pentru biomolecule, deoarece mai multe structuri pentru aceeași moleculă - în medii sau conformații diferite - pot fi conținute în PDB cu ID-uri PDB diferite. Vizualizarea datelor Fișierele de structură pot fi vizualizate folosind unul dintre mai multe programe de calculator gratuite și open sourceinclusiv JmolPymolVMD și Rasmol. Site-ul web RCSB PDB conține o listă extinsă atât a programelor gratuite și comerciale de vizualizare a moleculelor, cât și a pluginurilor browserului web.

Vezi si.

Bioinformatica la ora actuală Câţiva algoritmi au fost dezvoltaţi şi implementaţi pentru a asigura o interfaţă grafică ce permite utilizatorului accesul la bazele de date existente. În acest mod, compararea secvenţelor nou găsite cu acelea stocate în baza de date este o problemă de câteva minute. Dar chiar şi aşa, este necesară o analiză atentă a rezultatului şi, eventual, reluarea căutării în baza de date cu un filtru de selecţie mai fin. Astfel, este posibilă determinarea rapidă a diferenţelor dintre specii, precum şi diferenţele dintre un individ sănătos şi unul bolnav.